在东京八丈岛附近的海域，一个集全球警方监控于一身的超级高科技设施——“太平洋浮标”，即将启用。世界各地的工程师们齐聚此地，为了将其与欧洲刑警组织的监控系统相连。而这里还正在秘密测试基于人脸识别的绝密“黑科技”……与此同时，柯南和他的伙伴们正在前往八丈岛观赏鲸鱼。突然，柯南接到了冲矢昴（赤井秀一）的紧急电话，传来惊人的消息：欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒残忍杀害！为揭开真相，柯南决定潜入“太平洋浮标”。就在工程师们为系统启动做准备时，一场惊天案件发生了！一个女工程师被神秘黑暗组织绑架，她手中掌握着核心技术的U盘也落入了敌人手中！就在这紧急关头，水下传来未知潜水艇接近的声音，让人心生战栗，而一个神秘的黑影也悄无声息地接近着灰原哀……g